Existen diversas hipótesis para intentar explicar la posible causa del autismo:

- Defecto orgánico en el desarrollo del cerebro.
- Anormal metabolismo de la serotonína en el cerebro.
- La existencia de fuertes intolerancias alimentarías sobre todo al gluten y caseina.
- Déficits de ciertos nutrientes como vitaminas, aminoácidos, oligoelementos, coenzimas.
- Intoxicación medio ambiental con aumento de metales pesados como mercurio, aluminio,plomo,cadmio.
- Infecciones por virus lentos.
- Contaminación de hongos a nivel intestinal tipo candidas.

Sabemos ahora que los hongos pueden afectar el sistema inmune, y provocar alteraciones del SNC en niños autistas y / o con disfunciones del SNC, entre estos hongos tenemos como principales:
- Candidas, Aspergilus, levadura común o sacharomyces cerevisiae.
Los hongos fabrican substancias inmunotóxicas, las candidas favorecen reacciones de autoinmunidad,produciendo Ac anti mielina.
Los hongos ayudan a la fabricación de radicales libres,los cuales pueden llegar a dañar hasta nuestro material genético, por lo tanto es conveniente tomar antioxidantes si se diagnostica una candidiasis (acido lipoico, vit C, E,..). Los hongos podrían en algunos niños producir una disfunción pancreática, con crisis de hipoglucemia

Sabemos que la toxicidad medio ambiental puede causar alteraciones en el sistema inmune y desarrollo cerebral del niño, alterando la mielina, estructuras de las neuronas y receptores y posiblemente los sistemas enzimáticos de las mitocondrias, llegando a la encefalopatía y disfunción del cerebro del niño.

La toxicidad del mercurio es manifiesta en muchos de estos niños, lo reciben sobre todo a través de las vacunas, amalgamas dentales, ciertos pescados, contaminación medio ambiental.